Möhlin ist nach Zürich die zweitgrösste Christkatholische Kirchgemeinde der Schweiz und hat rund 1.000 Gemeindemitglieder. Gesamthaft gibt es in der Schweiz derzeit rund 12.000 Angehörige dieser Konfession. Die Bischofskirche ist St. Peter und Paul in Bern. Das untere Fricktal spielte in der Bildung dieser Landeskirche, welche als solche in den Kantonen Aargau, Basel-Landschaft, Bern, Genf und Solothurn anerkannt ist, eine wichtige Rolle. In dieser Region besteht schweizweit die stärkste Konzentration. So finden sich neben Möhlin Kirchgemeinden in Rheinfelden, Kaiseraugst, Magden/Olsberg, Obermumpf/Wallbach und Wegenstetten/Hellikon/Zuzgen. Im Aargau sind neben den Christkatholiken die Evangelisch-reformierte und Römisch-Katholische Kirche verfassungsmässig anerkannt. Möhlin ist bekannt als Dorf der drei Kirchen, was auch eine gute ökumenische Zusammenarbeit dokumentiert. 1974 wurde ein Ökumenischer Arbeitskreis gegründet. Im Jahreslauf finden immer wieder Gemeinschaftsanlässe statt, so am Eidg. Bettag. So wird betont: Ein Herzensanliegen der Kirchen soll nicht aus den Augen verloren und weiterentwickelt werden, nämlich dass alle Christinnen und Christen in versöhnter Verschiedenheit denselben Glauben wiedererkennen. Die Kirche St. Leodegar (Bild) beim Friedhof ist seit mehr als 1200 Jahren Ort des Gebetes und des Gottesdienstes. Als die Kirche 896 in die Obhut des elsässischen Klosters Murbach kam, wurde der Heilige Leodegar Schutzpatron von Möhlin. Erst im Dezember 1872 beschloss die katholische Kirchgemeinde Möhlin die Dogmen des Ersten Vatikanischen Konzils von 1870 nicht anzunehmen, was zur Trennung führte. Die Christkatholiken anerkennen zwar die besondere Stellung des Bischofs von Rom in dem Sinne, dass der Papst der erste unter gleichberechtigten Bischöfen ist, wird im Porträt der örtlichen Kirchgemeinde erwähnt. Als erster christkatholischer Bischof wurde Pfarrer Eduard Herzog am 18.9.1876 in der Stadtkirche von Rheinfelden geweiht. Die Reformierten bauten in Möhlin auf dem Wildenrain 1948 die neue Kirche und die Römisch-Katholiken errichteten vorerst 1880 ein kleines Gotteshaus, eine Notkirche, welche 1939 auf Schallen durch eine neue Kirche abgelöst wurde. Auf der internationalen Ebene wird oft der Ausdruck Altkatholisch verwendet. In der Schweiz hat man bei der Gründung der neuen Kirche Christkatholisch vorgezogen und wollte damit betonen, dass Christus das Haupt der Kirche ist. Eine ausdruckstarke barocke Kreuzigungsgruppe aus dem 18. Jahrhundert ist in der Kirche St. Leodegar von besonderem kunsthistorischem Wert.
