1415 kam Aarau mit der Eroberung des Unteraargaus durch die Truppen Berns für knapp vier Jahrhunderte unter Berner Herrschaft. Als Folge der Bernerherrschaft wurde in Aarau 1528 die Reformation eingeführt. Das hatte auch bauliche Folgen bis hin zur Ausgestaltung des Innenraumes der Stadtkirche. Altäre und Bilder wurden ausgeräumt und auch die Kirchenorgel. Diese strenge Nüchternheit wollte aber doch nicht allen Gläubigen passen. Die Hauptorgel, wie sie heute in der Kirche steht, hat deshalb in gestalterischer, geschichtlicher wie musikalischer Hinsicht einige Besonderheiten. Kurz, man wollte wieder eine Orgel, die gleich drei Anliegen erfüllen konnte: Darbietung von Konzerten, Musikalischer Reichtum für den Gottesdienst und die Führung und Begleitung des Gemeindegesangs. Schon 1728 erwarb der Rat von Bern das Instrument, das für die Französische Kirche bestimmt war. Doch schon ein Vierteljahrhundert später war die Orgel nach dem Kirchenumbau nicht mehr erwünscht. Da lag der Wunsch der Aarauer-Gemeinde gerade richtig für ein prächtiges Geschenk. 1755 kam die Orgel über die Aare an den neuen Bestimmungsort. Zur eigentlichen Orgel wurde der prachtvolle Prospekt (Verkleidung und Aussenansicht) 1755/56 erstellt und die Schnitzereien stammen aus der Werkstatt von F. X. Wiederkehr aus Mellingen. Die Musik hinter dem Prospekt wurde 1962 neu gemacht. Die Musik, das sind 4685 Pfeifen aus Zinn und Holz, jede tönt anders, arrangiert in fünf Werken, die von vier Manualen und einem Pedal aus bedient werden. Eine solche Orgel mit ihren verschiedenen Klangfarben und Kombinationsmöglichkeiten kann mit einem Orchester verglichen werden. Was die Orgel sein soll, steht ganz oben auf dem Prospekt: In laudem dei zum Lobe Gottes soll sie ertönen. Diesem erneuerten Gesamtwerk wurde 1963 noch eine Besonderheit beigefügt, eine kleinere, feine Schwester, die sogenannte Schwalbennestorgel im Chor der Kirche.
